El parametro wmode puesto como transparent hara que los divs siempre esten por encima del objeto flash.
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="500" height="200" title="slip">
<param name="movie" value="RUTA_ARCHIVO">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent"> <!-- este es el parametro que hara que los div's esten por encima del objeto flash -->
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