En los parámetros del flash o FLV incluir
<param name="wmode" value="transparent">

Ahora un paso MUY IMPORTANTE para que funcione en todos los navegadores

Para que tambien funcione en Firefox y Opera, etc.incluir el codigo (wmode="transparent") dentro de la etiqueta EMBED, y quede algo así como:
<embed src="miflash.swf" wmode="transparent" quality="high" etc etc.